１９７５年葡政府允许东帝汶举行公民投票，实行民族自决。主张独立的东帝汶独立革命阵线（简称革阵）、主张同葡维持关系的民主联盟（简称民盟）、主张同印尼合并的帝汶人民民主协会（简称民协）三方之间因政见不同引发内战。革阵于１９７５年１１月２８日单方面宣布东帝汶独立，成立东帝汶民主共和国。同年１２月，印尼出兵东帝汶，１９７６年宣布东为印尼第２７个省。１９７５年１２月联合国大会通过决议，要求印尼撤军，呼吁各国尊重东帝汶的领土完整和人民自决权利。此后从１９８３年至１９９８年，在联合国秘书长斡旋下，印尼与葡萄牙政府就东帝汶问题进行了十几轮谈判。 

    ２０世纪９０年代后期亚洲金融危机和印尼政权更迭后，在内外压力下，印尼总统哈比比于１９９９年１月同意东帝汶通过全民公决选择自治或脱离印尼。５月５日，印尼、葡萄牙和联合国三方就东帝汶举行全民公决签署三个协议：东帝汶实行特别自治的宪政框架，东帝汶人民对自治方案进行直接投票的安全安排和操作程序。６月１１日，联合国安理会通过决议成立联合国驻东帝汶特派团，负责东帝汶过渡初期工作。８月３０日，东帝汶在联合国主持下举行全民公决，４５万登记选民中约４４万人参加了投票，其中７８. ５％拒绝自治并选择脱离印尼。哈比比总统当日表示接受投票结果。投票后东亲印尼派与独立派发生流血冲突，东帝汶局势恶化，联合国特派团被迫撤出，约20多万难民逃至西帝汶。９月，哈比比总统宣布同意多国部队进驻东帝汶。此后，安理会通过决议授权成立由澳大利亚为首、约８０００人组成的多国部队，并于９月２０日正式进驻东帝汶，与印尼驻军进行权力移交。１０月，印尼人民协商会议通过决议正式批准东帝汶脱离印尼。同月，安理会通过第１２７２号决议，决定成立联合国东帝汶过渡行政当局（UNTAET，简称联东当局），全面接管东帝汶内外事务。２００１年８月和２００２年４月，东帝汶分别举行制宪议会（议会）、总统选举。东独立运动领袖夏纳纳·古斯芒当选总统。２００２年５月２０日，东帝汶民主共和国正式成立。