义熙元年(405年)正月，刘毅等到达江津，破桓谦、桓振，收复了江陵。三月，晋安帝司马德宗也到达江陵，并下诏书：

“古称大者天地，其次君臣，所以列贯三辰，神人代序，谅理本于造昧，而运周于万叶。故盈否时袭，四灵通其变；王道或昧，贞贤拯其危。天命所以永固，人心所以攸穆。虽夏、周中倾，赖靡、申之绩，莽、伦载窃，实二代是维，或乘资藉号，或业隆异世，犹诗书以之休咏，记策用为美谈。未有因心抚民，而诚发理应，援神器于已沦，若在今之盛者也。朕以寡昧，遭家不造，越自遘闵，属当屯极。逆臣桓玄，乘衅纵慝，穷凶恣虐，滔天猾夏。遂诬罔人神，肆其篡乱。祖宗之基既湮，七庙之飨胥殄，若坠渊谷，未足斯譬。

皇度有晋，天纵英哲，使持节、都督扬徐兗豫青冀幽并江九州诸军事、镇军将军、徐青二州刺史，忠诚天亮，神武命世，用能贞明协契，义夫响臻。故顺声一唱，二溟卷波；英风振路，宸居清翳。暨冠军将军毅、辅国将军无忌、振武将军道规，舟旗遄迈，而元凶传首；回戈叠挥，则荆、汉雾廓。俾宣、元之祚，永固于嵩、岱；倾基重造，再集于朕躬。宗庙歆七百之祜，皇基融载新之命。念功惟德，永言铭怀。固已道冠开辟，独绝终古，书契以来，未之前闻矣。虽则功高靡尚，理至难文，而崇庸命德，哲王攸先者，将以弘道制治，深关盛衰。故伊、望膺殊命之锡，桓、文飨备物之礼，况宏征不世，顾邈百代者，宜极名器之隆，以光大国之盛。而镇军谦虚自衷，诚旨屡显。朕重逆仲父，乃所以愈彰德美也。镇军可进位侍中、车骑将军、都督中外诸军事，使持节、徐青二州刺史如故。显祚大邦，启兹疆宇”(《宋书·武帝本纪》)。

诏书历数桓玄罪状，竭力称赞刘裕平定桓玄之乱中所立下的功绩，并封刘裕侍中、车骑将军，都督中外诸军事，使持节、徐青二州刺史如故。这样一来，刘裕的权力大增强。四月，刘裕镇守京口，改授都督荆、司等十六州诸军事，加领兖州刺史。

此时，卢循已攻下番禺(今广州市)，番禺地扼郁水(今珠江)入海口，华南军事重镇和政治经济中心。卢循自称平南将军，摄广州事。遣骁将徐道覆率军北上攻占始兴(今广东韶关西南)。卢循企图割据岭南，遂向东晋妥协，遣使称臣纳贡，以求得到晋廷承认。由于刘裕正全力消灭桓玄残余势力，无暇南顾，遂于四月，委任卢循为广州刺史，徐道覆为始兴相。

义熙二年(406)十月，刘裕被封为豫章郡公。

义熙五年(409年)正月，南燕帝慕容超嫌宫廷乐师不够，欲对东晋用兵掠取。二月，慕容超轻启边衅，进击东晋宿豫(今江苏宿迁东南)，掠走百姓2500人。

三月，刘裕上书请伐南燕，一是为抗击南燕，二是外扬声威。刘裕知道，要想取晋而代之，仅仅靠立功于东晋境内还不足以服众，要树立更高的威信只有北伐。东晋历史上，北伐向来是权臣立功业的好机会，除祖逖北伐没有私心，一心只想收复失地，统一河山外，其余的庾亮、庾翼和殷浩、桓温的北伐都带有借此建功立业，扩大势力影响的意图，刘裕当然也不例外。

四月，刘裕自建康(今南京)率舟师溯淮水入泗水(参见刘裕灭南燕之战)。五月，进抵下邳(今江苏睢宁西北)，留船舰、辎重，改由陆路进至琅邪(今山东临沂北)。为防南燕以奇兵断其后，所过皆筑城垒，留兵防守。时有人对刘裕说：“燕人若塞大岘之险，或坚壁清野，大军深入，不唯无功，将不能自归，奈何？”刘裕说：“吾虑之熟矣。鲜卑贪婪，不知远计，进利虏获，退惜禾苗，谓我孤军远入，不能持久，不过进据临朐，退守广固，必不能守险清野，敢为诸君保之”(《资治通鉴·卷第一百一十五》)。

南燕主慕容超闻刘裕率军北伐，召群臣商讨对策。征虏将军公孙五楼认为：“吴兵轻果，利在速战，不可争锋。宜据大岘，使不得入，旷日延时，沮其锐气，然后徐简精骑二千，循海而南，绝其粮道，别敕段晖帅兗州之众，缘山东下，腹背击之，此上策也。各命守宰依险自固，校其资储之外，馀悉焚荡，芟除禾苗，使敌无所资，彼侨军无食，求战不得，旬月之间，可以坐制，此中策也。纵贼入岘，出城逆战，此下策也。”公孙五楼这几条建议都是知己知彼的可行之策，但慕容超没有采纳，还将其建议逐一驳斥说：“今岁星居齐，以天道推之，不战自克。客主势殊，以人事言之，彼远来疲弊，势不能久。吾据五州之地，拥富庶之民，铁骑万群，麦禾布野，奈何芟苗徙民，鲜自蹙弱乎！不如纵使入岘，以精骑蹂之，何忧不克”(《资治通鉴·卷第一百一十五》)！辅国将军广宁王贺赖卢苦谏不从。太尉桂林王慕容镇说：“陛下必以骑兵利平地者，宜出岘逆战，战而不胜，犹可退守，不宜纵敌为岘，自弃险固也”(《资治通鉴·卷第一百一十五》)。慕容超仍是不从。

六月，刘裕未遇抵抗，过莒县(今属山东)，越大岘山。刘裕见燕兵不出，举手指天，喜形于色。部下不解，问：“公未见敌而先喜，何也？”，刘裕说：“兵已过险，士有必死之志；余粮栖亩，人无匮乏之忧。虏已入吾掌中矣”(《资治通鉴·卷第一百一十五》)。

慕容超先遣公孙五楼、贺赖卢及左将军段晖等，率步、骑兵5万进据临朐(今属山东)。慕容超得知晋兵已过大岘山，自率步骑4万继后。燕军至临朐，待刘裕军至，便留老弱之兵守广固(今山东青州西北)，余者皆出。临朐城南有巨蔑水(今山东弥河)，城大约有四十里。慕容超对公孙五楼说：“急往据之，晋军得水，则难击也”(《宋书·武帝本纪》)。公孙五楼率骑前出，欲控制巨蔑水(今山东弥河)。与晋军前锋孟龙符遭遇，公孙五楼战败退走。

刘裕以战车4000辆分左右翼，兵、车相间，骑兵在后，向前推进。军令严肃，行伍齐整。晋军进抵临朐南，慕容超派精骑前后夹击。两军力战，胜负未决。参军胡籓献计说：“燕悉兵出战，临朐城中留守必寡，愿以奇兵从间道取其城，此韩信所以破赵也”(《资治通鉴·卷第一百一十五》)。刘裕纳其策，遣胡藩及谘议参军檀韶、建威将军向弥率军绕至燕军之后，乘虚攻克临朐，当日即克。刘裕还声言轻兵自海道而至，慕容超大惊，单骑逃往城南左将军段晖营中。刘裕纵兵追击，大败燕军，段晖等十余将被斩。慕容超逃还广固。其良马、辇车、玉玺、豹尾等皆被晋军缴获，送往京师。刘裕乘胜追击北上，第二天进至广固，克其外城。慕容超退守内城。刘裕筑长围困之，围高三丈，穿堑三重。刘裕招降纳叛，争取民心，并就地取粮养战。慕容超被困于广固内城，先后遣尚书郎张钢、尚书令韩范，驰往后秦求援。

七月，刘裕被加北青、冀二州刺史。南燕尚书垣遵、其弟京兆太守垣苗也率众前来归顺。刘裕治攻城器具，城中燕军说：“汝不得张纲，何能为也”(《宋书·武帝本纪》)。刘裕部下也对其说：“张纲有巧思，若得纲使为攻具，广固必可拔也”(《资治通鉴·卷第一百一十五》)。时张纲正从后秦返回，被泰山太守申宣抓住送给了刘裕。刘裕把张纲囚在车中，让慕容超守城的将士看，并说：“刘勃勃大破秦军，无兵相救”(《资治通鉴·卷第一百一十五》)。城内守军莫不失色。北方人民也荷戈负粮，前来援助晋军。

是月，后秦主姚兴派卫将军姚强率步、骑兵1万，与洛阳(河南洛阳东北)守将姚绍汇合，统兵共救南燕。并遣使对刘裕说：“慕容见与邻好，又以穷告急，今当遣铁骑十万，径据洛阳。晋军若不退者，便当遣铁骑长驱而进。”刘裕识破姚兴虚张声势，不以为然地说：“语汝姚兴，我定燕之后，息甲三年，当平关、洛。今能自送，便可速来”(《宋书·武帝本纪》)！时刘穆之闻有秦使至，急忙来见刘裕，但使者已回。刘裕将所言之事告诉刘穆之，刘穆之担心地说：“常日事无大小，必赐与谋之。此宜善详之，云何卒尔便答？公所答兴言，未能威敌，正足怒彼耳。若燕未可拔，羌救奄至，不审何以待之？”刘裕笑着说：“此是兵机，非卿所解，故不语耳。夫兵贵神速，彼若审能遣救，必畏我知，宁容先遣信命。此是其见我伐燕，内已怀惧，自张之辞耳”(《宋书·武帝本纪》)。不久，姚兴被夏主刘勃勃击败于贰城(今陕西黄陵西北)，遂令姚强撤周长安(今西安西北)。慕容超久困于广固，不见后秦援兵，欲割大岘山以南与东晋、献良马千匹为条件，称藩于东晋，刘裕不允，日夜加紧攻城。南燕大臣张华、封恺、封融及尚书张俊相继降晋。

九月，晋廷加刘裕为太尉、中书监，刘裕固辞。是月，刘裕又截获为借兵去后秦的韩范，使其绕城而行，以示后秦救兵无望，城内南燕守军惊恐。十月，张纲制成飞楼、冲车等各种攻城器具，“设诸奇巧，飞楼木幔之属，莫不毕备，城上火石弓矢，无所用之”(《宋书·武帝本纪》)。

义熙六年(410年)二月，南燕贺赖卢、公孙五楼率军挖地道出击晋军，被击败，退回内城。刘裕率全军攻城，有人说：“今日往亡，不利行师。”刘裕说：“我往彼亡，何为不利”(《资治通鉴·卷第一百一十五》)！遂四面攻城，南燕尚书悦寿打开城门迎降，晋军攻入广固内城。慕容超率数十骑突围而走，被晋军追获，送至建康斩首，南燕灭亡。

此战，刘裕善于料敌，利用燕军恃强弃险的失误，乘机攻击，以车制骑，在广固内城攻坚战中，又采取久围待其疲而后攻之的方略，将军事进攻与政治攻心相结合，稳扎稳打，掌握主动，一举获胜。

刘裕在破城后，怒广固久攻不下，欲屠城，将守军妻女赏给将士。韩范劝阻说：“晋室南迁，中原鼎沸，士民无援，强则附之，既为君臣，必须为之尽力。彼皆衣冠旧族，先帝遗民；今王师吊伐而尽坑之，使安所归乎！窃恐西北之人无复来苏之望矣”(《资治通鉴·卷第一百一十五》)。刘裕改容谢之，但仍杀王公以下三千人，没入家口万余，

史学家司马光对刘裕此举很不满：“晋自济江以来，威灵不竞，戎狄横骛，虎噬中原。刘裕始劝王师剪平东夏，不于此际旌礼贤俊，慰抚疲民，宣恺悌之风，涤残秽之政，使群士向风，遗黎企踵，而更恣行屠戮以快忿心。迹其施设，曾苻、姚之不如，宜其不能荡壹四海，成美大之业，岂非虽有智勇而无仁义使之然哉”(《资治通鉴·卷第一百一十五》)！

其实刘裕诛杀慕容氏还是有一定的道理的。慕容氏在当时素以反叛称著，符坚就是前车之鉴，所以刘裕只杀燕国王公，而赦其民，免去了分裂之忧。司马光在评价符坚时，称其是妇人之仁，而此时又把刘裕“不能荡壹四海，成美大之业”说成是因为滥杀无辜，实在是没有道理。

在刘裕伐燕之时，义军名将徐道覆便劝卢循乘虚而出，卢循不从。徐道覆便亲至番禺劝说卢循：“本住岭外，岂以理极于此，正以刘公难与为敌故也。今方顿兵坚城之下，未有旋日。以此思归死士，掩袭何、刘之徒，如反掌耳。不乘此机而保一日之安，若平齐之后，小息甲养众，不过一二年间，必玺书征君。若刘公自率众至豫章，遣锐师过岭，虽复将军神武，恐必不能当也。今日之机，万不可失。既克都邑，倾其根本。刘公虽还，无能为也”(《宋书·武帝本纪》)。卢循纳其言。

义熙六年(410年)二月，卢循义军乘晋都城建康兵力空虚之机，在始兴(今广东韶关西南)会合后，兵分两路北上进攻东晋都城建康(今江苏南京)。东路由徐道覆率领，取道赣水(今赣江)而下，向寻阳(今江西九江西南)进军。西路由卢循率领，攻破桂阳(今湖南郴州)、湘东(今湖南衡阳)、长沙(今属湖南)诸郡，进至巴陵(今湖南岳阳)。义军北征之初进军顺利，徐道覆军连克南康(今江西赣州)、庐陵(今江西吉水北)。

三月，晋镇南将军何无忌不听部下劝告，率军出战，结果于豫章(今南昌)当场战死，致使晋军全线崩溃，中外大震，晋廷一进准备北投刘裕，后知义军未至京城，才做罢。时刘裕已至下邳，以船载辎重，自率精锐南归。至山阳，闻何无忌战死，担心京城失守，遂昼夜兼行，并与数十人至淮上，向行人打听京城的消息。行人说：“贼尚未至，刘公若还，便无所忧也”(《宋书·武帝本纪》)。刘裕大喜。渡江时，风急浪大，部下都很担心，刘裕说：“若天命助国，风当自息；若其不然，覆溺何害”(《资治通鉴·卷第一百一十五》)！即命登舟，舟移而风止。刘裕过江，至京口，朝廷见刘裕回来，这才放心。

四月，刘裕至建康，京城戒严。时抚军将军刘毅准备南征。临行时，刘裕写信劝阻说：“吾往习击妖贼，晓其变态。贼新获奸利，其锋不可轻。今修船垂毕，当与弟同举。克平之日，上流之任，皆以相委”(《资治通鉴·卷第一百一十五》)。还派刘毅从弟刘籓去劝阻。刘裕不但不从，反而大怒，对刘籓说：“往以一时之功相推耳，汝便谓我真不及刘裕邪”(《资治通鉴·卷第一百一十五》)！于是投书于地，率舟师2万自姑孰溯江而上，进兵寻阳。

徐道覆闻刘毅至，急告示卢循说：“毅兵众甚盛，成败事系之于此，宜并力摧之。若此克捷，天下无复事矣。根本既定，不忧上面不平也”(《宋书·武帝本纪》)。卢循接受徐道覆建议，停止进攻江陵，顺江而下，与徐道覆联兵共击刘毅军。

五月，卢、徐率义军10万、战船千艘与刘毅军战于桑落洲(今江西九江东北)，晋军大败，部众多被义军俘获，刘毅带从数百人陆上逃走，所弃辎重堆积如山，义军乘胜直逼建康(今南京市)。此时，北归将士多有伤病，建康守军不过数千，而义军则“战士十余万，舟车百里不绝。奔败还者，并声其雄盛”(《宋书·武帝本纪》)。处绝对优势。但卢循得知刘裕已回师建康，心中惧怕，便动摇了直攻建康的决心。徐道覆坚持己见，当卢循采纳徐道覆的意见，率兵东下进攻建康时，战机已被贻误。

此时，刘裕在京城招募新兵，强了兵力，并调整了部署，增强了防卫。时有人建议分兵防守各个要塞，刘裕认为不可，他说：“贼众我寡，若分兵屯，则人测虚实。且一处失利，则沮三军之心。今聚众石头，随宜应赴，既令贼无以测多少，又于众力不分。若徒旅转集，徐更论之耳”(《宋书·武帝本纪》)。

义熙九年(413年)六月，朱龄石兵至白帝城，打开刘裕密令，上面写道：“众军悉从外水取成都。臧熹从中水取广汉，老弱乘高舰十馀，从内水向黄虎”(《资治通鉴·卷第一百一十六》)。朱龄石遂按刘裕之令，以主力从外水(今四川成都市府河及其下游岷江)攻取益州(今成都)；臧熹从中水(今四川沱江)攻取广汉(今四川射洪南)，老弱者乘战舰十余艘从内水(今涪江及其下游嘉陵江)向黄虎(今四川射洪境)，各军倍道兼行。成都王谯纵果然如刘裕所料，命谯道福率重兵镇守涪城(今四川三台西北)，以备内水。在部署上，谯纵败局已定。朱龄石兵抵平模(今四川彭山东)，离成都200里，谯纵命秦州刺史侯晖、尚书仆射谯诜率兵万余扎营平模，夹岷江岸筑垒拒守。

七月，朱龄石听从刘钟建议，不失战机，力克北城，斩侯晖、谯诜，转攻南城，南城自溃。朱龄石率军舍船登陆前进；臧熹至牛脾(今四川简阳西)，击斩蜀大将谯抚之。谯小苟率军自打鼻山(今彭山南岷江西岸)溃退。谯纵军诸营望风而走。尚书令马耽，封存府库，以待晋军接攻。谯纵弃城投奔谯道福，被谯道福斥责，走投无路，自杀。朱龄石进入益州。谯道福无奈之际，投奔僚人部落，后被晋军俘斩。三月，

刘裕不仅以武功显赫于当时，而且在一些政治措施上，他也很有建树，这些为他日后称帝打下了基础。当时晋朝“山湖川泽，皆为豪强作专，小民薪采渔钓，皆责税直”(《宋书·武帝本纪》)。刘裕认为这对百姓不利，于是“禁断之”。

时民居未一，刘裕便于是年三月上表：“臣闻先王制治，九土攸序；分境画疆，各安其居；在昔盛世，人无迁业，故井田之制，三代以隆。秦革斯政，汉遂不改；富强兼并，于是为弊。然九服弗扰，所托成旧，在汉西京，大迁田、景之族，以实关中，即以三辅为乡闾，不复系之于齐、楚。自永嘉播越，爰托淮、海，朝有匡复之算，民怀思本之心，经略之图，日不暇给。是以宁民绥治，犹有未遑。及至大司马桓温，以民无定本，伤治为深，庚戌土断，以一其业。于时财阜国丰，实由于此。自兹迄今，弥历年载，画一之制，渐用颓弛。杂居流寓，闾伍弗修，王化所以未纯，民瘼所以犹在。臣荷重任，耻责实深，自非改调解张，无以济治。夫人情滞常，难与虑始，所谓父母之邦以为桑梓者，诚以生焉终焉，敬爱所托耳。今所居累世，坟垄成行，敬恭之诚，岂不与事而至。请准庚戌土断之科，庶子本所弘，稍与事著。然后率之以仁义，鼓之以威武，超大江而跨黄河，抚九州而复旧土，则恋本之志，乃速由于当年，在始暂勤，要终所以能易。伏惟陛下，垂矜万民，怜其所失，永怀《鸿雁》之诗，思隆中兴之业。既委臣以国重，期臣以宁济，若所启合允，请付外施行”(《宋书·武帝本纪》)。于是依界土断。这些措施，使刘裕在百姓心中，留下了较好的印象。

义熙十年(414年)时，荆州刺史司马休之在江陵，颇得江、汉民心，遭到刘裕妒恨。刘裕还又厌恶其子谯王司马文思在京都建康(今南京)惹事，遂于义熙十一年(415年)正月，逮捕司马休之次子司马文宝等，命其自杀。同时以纵子凶暴为名，发兵西上，征伐司马休之。二十七日，兵出建康。

二月，司马休之上书陈述刘裕罪状，举兵迎战。雍州刺史鲁宗之与其子竟陵太守鲁轨，起兵响应。刘裕命参军檀道济、朱超石率步、骑兵出襄阳，以江夏太守刘虔之屯兵三连(今湖北安陆西)，架桥筹粮以待檀道济。鲁轨乘虚袭杀刘虔之。刘裕以女婿、振威将军徐逵之，统领参军蒯恩、王允之、沈渊子为前锋，出江夏口(江水夏水合口处，今湖北监利西)。于破冢(今湖北江陵东南)中鲁轨埋伏，兵败，徐逵之、王允之、沈渊子相继战死，鲁轨再攻蒯恩，不克退走。刘裕军抵马头(今湖北公安西北)，闻徐逵之战死，于三月率诸军渡江。鲁轨及司马休之子司马文思率兵4万，据岸列阵。刘裕逼迫建武将军胡藩强行沿悬崖攀登上岸，后续部众奋勇力战，击退司马文思，刘裕率军乘胜猛攻，大败司马休之，继克江陵。五月，鲁轨在石城(今湖北钟祥)被刘裕部将阆中侯赵伦之、太尉参军沈林子击败。司马休之、鲁宗之救援不及，遂与鲁轨逃奔后秦。武陵内史王镇恶等追至国境而还。

是月，加刘裕太傅、扬州牧，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名。以其弟兖、青二州刺史刘道怜为都督荆、湘、益、秦、宁、雍七州诸军事、骠骑将军、荆州刺史。刘道怜为人贪鄙，无才能，刘裕便以中军长史晋陵太守谢方明为骠骑长史、南郡相，刘道怜府中之事皆咨决于谢方明。八月，刘裕回建康，固辞太傅、州牧，其余受命。以长子刘义符为兖州刺史。

义熙十二年(416年)正月，加刘裕平北将军、兖州刺史，增都督南秦州，共计二十二州，以刘义符为豫州刺史。二月，又加刘裕中外大都督。

刘裕自灭南燕后，便有进图关中、洛阳之志，后因内忧不断，便没有完成自己的愿望。此时，内乱已平，后方无忧，便准备北伐后秦。后秦是由羌族贵族姚苌建立的，历来威胁东晋。刘裕在攻灭南燕和益州割据势力后，谋伐后秦。正月，后秦国主姚兴派兵攻东晋雍州（治今湖北襄阳)，被雍州刺史赵伦之击败。为晋提供了北伐的借口。二月，后秦国主姚兴病死，太子姚泓即位，兄弟争位相杀，关中骚乱。四月，西秦主乞伏炽磐侵犯秦边。六月，并州(治今山西太原西北)匈奴部落聚众叛乱。同时，夏国赫连勃勃乘机起兵扰秦边境。后秦因此内外交困，国力大减。

八月，刘裕兴师伐秦(参见刘裕灭后秦之战)。以其长子刘义符和亲信刘穆之等留守建康(今南京)，亲率大军，兵分五路征讨后秦。龙骧将军王镇恶、冠军将军檀道济率步兵为前锋，自淮、肥一带向许昌、洛阳(今河南许昌东、洛阳东北)方向进攻；建武将军沈林子、彭城内史刘遵考率水军，趋石门(今河南荥阳北)，自汴水入河水(今黄河)；直指洛阳；新野太守朱超石、宁朔将军胡藩率部由襄阳赴阳城(今河南登封东南)，策应洛前锋主力，从南面进攻洛阳；振武将军沈田子、建威将军傅弘之率部由襄阳趋武关(今陕西商南西南)，牵制关中的后秦军；冀州刺史王仲德统领前锋诸军，经泗水开巨野泽(今山东巨野北)入河水(今黄河)。

九月，刘裕率大军至彭城(今江苏徐州)，各路晋军进展顺利。刘裕加领徐州刺史。当时，后秦于潼关(今陕西潼关东北)以东置有豫，徐、兖三州，屯兵薄弱，且缺乏防备。晋将王镇恶、檀道济进入后秦境，连战告捷。秦将王苟生献漆丘(今河南商丘东北)降王镇恶，徐州刺史姚掌以项城(今河南沈立)降檀道济。其它要点屯守兵力，亦望风降附。檀道济又破新蔡(今属河南)，执杀太守董遵，进克中原重镇许昌，擒获秦颍川太守姚垣及大将杨业。沈林子自汴入黄河，攻克仓垣(今河南开封西北)，击降后秦兖州刺史韦华。王仲德率水军入黄河，借道北魏滑台(今河南滑县东)，守将尉建率众弃城北渡黄河西走。王仲德进屯滑台。

十月，王镇恶、檀道济会师成皋(今荥阳西北)。后秦阳城、荥阳(今荥阳东北)二城皆降。镇守洛阳的后秦征南将军姚洸求救于长安。后秦主姚泓派越骑校尉阎生率骑兵3000人，武卫将军姚益男率步兵1万前往助守。同时遣并州牧姚懿自蒲坂(今山西水济西南)进屯陕津(即茅津，今河南三门峡市西黄河上)为后援。洛阳守将姚洸拒纳部将赵玄集中兵力，固守金墉(今洛阳东北)，以待援军建议，分兵扼守各处险要：命宁朔将军赵玄率千余人南守柏谷坞(今河南偃师东南)，广武将军石无讳东守巩城(今河南巩县西南)。不久，成皋、虎牢(今河南荥阳西北)守军相继降晋。王镇恶、檀道济、沈林子等长驱而进。石无讳退还洛阳，赵玄战死。檀道济进逼洛阳，姚洸出降，秦军4000余人被俘。后秦援军阎生、姚益男等得知洛阳失陷，不敢往援。晋军占领洛阳。西秦主乞伏炽磐遣秦州刺史王松寿据马头(今甘肃礼县东北)，紧逼后秦上邦(今甘肃天水)。

这时刘裕认为自己功劳甚高，便于十一月派左长史王弘还建康，“讽朝廷求九锡”(《资治通鉴·卷第一百一十七》)。时刘裕的心腹刘穆之在建康掌留任，看见刘裕居然如此无赖，感到为他羞愧，因之发病。

十二月，晋廷见刘裕功高难治，只好下诏以刘裕为相国，总百揆、扬州牧，封十郡为宋公，备九锡之礼，位在诸侯王上，领征西将军，司、豫、北徐、雍四州刺史。刘裕原先让王弘还建康求九锡用意大概是想探探朝廷态度，现朝廷果然能如他的意，他反倒感到自己有些操之过急了，所以没有敢接受朝廷之封。

是月，西秦主乞伏炽磐遣使至刘裕处求击后秦以自效。刘裕封乞伏炽磐为平西将军、河南公。后秦在洛阳被占后，正准备派兵增援潼关，未想到接连发生两起内乱，只得将兵抽回。

元熙元年(419年)七月，刘裕受进爵之命，十二月，又加殊礼。

永初元年(420年)六月，刘裕迫使司马德文禅位给自己，正式称帝，国号为宋，改元永初，定都建康，史称宋武帝。中国历史也进入了一个暂新的时期——南北朝时期。

刘裕经过多年苦心经营，终于当上了皇帝，他深知帝位来之不易，所以即位后，采取了很多措施，巩固帝位，这也显示了这位创业之君的治国才能。由于刘裕出自寒门，深知这种人的优点，所以用人主要擢自寒门，所谓“网罗幽滞”(《宋书·武帝本纪》)。

刘裕还关心百姓生活，曾多次下令减免税役，如在同年八月“蠲租布二年”(《宋书·武帝本纪》)。在平定刘毅时，也曾下令减免税役。对于那些原来因战争需要被征发的奴隶也一律放还。

在吏治上，刘裕于永初二年(421)三月，规定“荆州府置将不得过二千人，吏不得过一万人；州置将不得过五百人，吏不得过五千人。兵士不在此限”(《宋书·武帝本纪》)。这是由于东晋末年，置官滥乱，给人民带来沉重负担，刘裕及时对此进行了制止。

在法制上，刘裕对东晋以来苛刻的刑法也进行了改革，永初三年(422)正月，下诏“刑罚无轻重，悉皆原降”(《宋书·武帝本纪》)。

刘裕本虽是行伍出行，识字不多，但非常重视教育。永初三年(422)正月，下诏：“古之建国，教学为先，弘风训世，莫尚于此；发蒙启滞，咸必由之。故爰自盛王，迄于近代，莫不敦崇学艺，修建庠序。自昔多故，戎马在郊，旌旗卷舒，日不暇给。遂令学校荒废，讲诵蔑闻，军旅日陈，俎豆藏器，训诱之风，将坠于地。后生大惧于墙面，故老窃叹于子衿。此《国风》所以永思，《小雅》所以怀古。今王略远届，华域载清，仰风之士，日月以冀。便宜博延胄子，陶奖童蒙，选备儒官，弘振国学。主者考详旧典，以时施行”(《宋书·武帝本纪》)。从而巩固宋国的统治，同时也改善了社会风气。

刘裕身为皇帝，最大的优点是生活简朴。史书称他“清简寡欲，严整有法度，未尝视珠玉舆马之饰，后庭无纨绮丝竹之音。”“财帛皆在外府，内无私藏”(《宋书·武帝本纪》)。义熙十二年(416年)八月，刘裕北伐后秦时，宁州人献琥珀枕，光色甚丽。刘裕知献琥能治伤，便将琥珀枕捣碎分给将士。刘裕灭后秦后，得姚兴从女，刘裕对她非常宠爱，几乎误了政事。后来谢晦谏说此事，刘裕马上其赶走。宋台建好后，有人上奏要把东西堂施局脚床，钉银涂钉，刘裕听了认为浪费，只同意用直脚床，钉铁钉。刘裕衣着简朴，常常拖着连齿木屐，在神虎门散步，左右从者不过十余人。他的儿子早晨向他请安，也不拘于礼，常穿着平常衣服。他睡的床，床头挂的是土布做成的帐子，墙壁上挂着布做的灯笼，麻绳做的拂灰扫把。为告诫后人，他命人将年轻时耕田用过的耨耙之类的农具藏人宫中，以使后人知稼穑之艰难。大明年间(457年-464年)，孝武帝刘骏见此情景，与自己所追求的浮华豪奢有天壤之别，感到刘裕寒酸之极。说：“田舍公得此，以为过矣”(《宋书·武帝本纪》)。

宋武帝刘裕虽只做了两年多皇帝，但他能以天下为己任，体恤百姓，节俭治国，不愧为当时有所作为的君主。后宋文帝刘义隆在其父亲的基础上，继续推行了一些有利于人民的统治政策，终于出现了南北朝历史上第一个小康局面——元嘉之治。

永初三年(422年)五月癸亥(即公元422年6月26日)，刘裕去世，时年六十岁。

拓跋珪依附其舅贺讷，贺讷见到拓跋珪后，惊喜道：“复国之后，当念老臣！”拓跋珪笑着回答：“诚如舅言，不敢忘也”(《资治通鉴·卷第一百六》)。刘显此时怀疑梁六眷泄其谋，将其舍之。贺氏的从弟外朝大人贺悦举所部以奉率其部归附于拓跋珪，刘显怒，准备杀贺氏，贺氏逃到刘亢泥家，在神车中藏了三天，后刘亢泥向刘显求情，刘显才不再追究。不久，刘显部再生叛乱，原代国中部大人庾和辰在贺氏劝说下投奔珪。

时贺讷弟贺染干见拓跋珪甚得众心，心中忌之，派其死党侯引七突去杀拓跋珪，代人尉古真知道后，通知拓跋珪，侯引七突遂不敢行动。贺染干怀疑尉古真泄其谋，将其抓捕审讯，并以两车轴夹其头，并伤其一目，尉古真依旧不承认，贺染干只好将其释放，并率兵包围拓跋珪，贺氏对贺染干说：“汝等今安所置我，而欲杀吾子也”(《魏书·献明皇后传》)？贺染干惭愧而走。

太元十一年(386年)正月戊申，拓跋珪在牛川(今内蒙古乌兰察布盟内塔布河即锡拉木林河)召开大会，即代王位。以长孙嵩为南部大人，以叔孙普洛为北部大人。新建的联盟主要由三部分人组成：所谓“宗室八姓”是联盟的核心。这八姓是拓跋邻时形成的拓跋氏和它的七个血缘部族；其次是宗室八姓以外的其他部族，力量比较强的有贺兰部、丘穆陵部等；第三是一些汉人，其中张衮、许谦等人较有影响。拓跋珪即位仪式带有浓厚的氏族贵族民主制的风尚。宗室八姓的其他七族的首领用黑毡蒙头同拓跋珪一起西向拜天。这表明在拓跋珪即位之初，联盟的权力是多元的，代王没有至高无上的权力。拓跋珪仿照汉人改元的习惯，把这一年称做登国元年。重建的联盟设置的机构基本承袭什翼犍时期的体制。比较重要的职务是管理联盟日常事务的四部大人和管理来附的外族人口的南北二部大人。

登国元年(386年)四月，拓跋珪放弃原来西晋的封号，改称魏王。五月，拓跋珪至陵石。护佛侯部首领侯辰、乙弗部首领代题反叛。诸将要追赶，拓跋珪说：“侯辰等世修职役，虽有小愆，宜且忍之。当今草创，人情未一，愚近者固应趑趄，不足追也”(《魏书·太祖纪》)。

七月己酉，拓跋珪迁都盛乐(今内蒙古和林格尔西北土城子)。代题又率部落来降，但几天后，再次投奔刘显。拓跋珪使其孙倍斤代领部落。

八月，拓跋珪的首领地位遇到严重的挑战。刘显拥立拓跋窟咄和拓跋珪争夺王位。拓跋窟咄是什翼犍的少子。代亡后，苻坚迁之于长安。淝水战后，长安变乱。窟咄随慕容永东迁，慕容永封窟咄为新兴太守。是时，刘显处境困难。为防备拓跋珪偷袭，他已将部族从善无(山西右玉县)撤到马邑(朔县)。刘显企图抬出拓跋窟咄，一举粉碎拓跋珪。拓跋窟咄带领着一部分独孤部人马进犯魏国南境。拓跋窟咄的出现，引起联盟内部骚动。莫那娄族首领莫题送箭给拓跋窟咄表示效忠。勿忸于族首领于桓与部人策划活捉拓跋珪以应拓跋窟咄。事泄，拓跋珪诛主谋五人，将余者赦免。在安定了内部之后，拓跋珪带领联盟各部穿越阴山，迂回到贺兰部，避免与独孤部人马立即交锋。由于拓跋部与慕容部世为婚姻，所以拓跋珪又同时派人去后燕，向燕主慕容垂请求救援。

此时，后燕统治的区域主要是幽、冀、平三州，其都城设在中山(今定县)。慕容垂一方面鉴于和拓跋部的婚姻关系，一方面因为拓跋窟咄依附的是西燕，西燕主慕容永是原前燕王的支属。慕容永占据长子后，无意东归，下令诛杀慕容垂弟兄子孙，称帝改元建立政权，与后燕遂成为敌国。

慕容垂派其子赵王慕容麟统帅步骑6000余人援助拓跋珪。由于燕魏的通道已被独孤部封锁，拓跋部得不到救兵的消息。十月，贺讷的弟弟贺染干勾结窟咄，率领一部分族人从北方攻击拓跋部。魏国各部惊骇不定。北部大人叔孙普洛等十三人与一部分乌桓人亡奔刘卫辰。慕容麟闻讯，急忙派人冒险赶到魏国报信，魏人知燕军在附近，人心才安定下来。

是月，拓跋珪从弩山返师牛川，和慕容麟分兵合击驻扎在高柳(今阳高)的拓跋窟咄。拓跋窟咄大败，几乎全军覆没。拓跋窟咄逃到刘卫辰处，被刘卫辰杀死。拓跋珪悉收其众，并以代人库狄干为北部大人。

十二月，慕容垂以拓跋珪为西单于，封上谷王，拓跋珪未授。

登国二年(387年)三月，后燕上谷(郡治沮阳，今河北怀来东南)人王敏杀太守封戢，代郡(治代县，今河北蔚县西南)人许谦也赶走太守贾闰，均宣布依附刘显。时刘显以马邑(今山西朔县)为基地，四处扩展，地广兵强，雄据北方。但不久，刘显兄弟之间陷入纷争。刘显的崛起给北魏形成很大威胁，刘显内部的纷争又给北魏出兵以良机。

五月，魏长史张衮认为：“显志大意高，希冀非望，乃有参天贰地，笼罩宇宙之规。吴不并越，将为后患。今因其内衅，宜速乘之。若轻师独进，或恐越逸。可遣使告慕容垂，共相声援，东西俱举，势必擒之。然后总括英雄，抚怀遐迩，此千载一时，不可失也”(《魏书·张衮传》)。拓跋珪采纳张衮的意见，并派使臣安同乞师于后燕。

七月，刘显抢走了刘卫辰献给燕王慕容垂的大批良马。慕容垂正为此事恼怒，遣太原王慕容楷协助赵王慕容麟进攻刘显，刘显大败，率残部撤回马邑西山。拓跋珪与慕容麟会师又破刘显于弥泽(今山西朔县南)，刘显逃往西燕。慕容麟尽收其部众，获牛马羊以千万数。

拓跋珪击败拓跋窟咄和刘显，是决定命运的两次战役。首先，这使得新建的联盟避免了覆亡的危险。从此，拓跋珪不但在云中站稳了脚根，而且将活动范围向南推进到了雁门、代郡一带。其次，两次战争都虏获大量人口、牲畜和财物。拓跋珪实行按战功分赏战利品的制度，促进了联盟各部畜牧业和奴隶制因素的发展，有效地抵御了联盟组织内部的离心势力。魏国实力增强，使拓跋珪进而向各方扩张，战争加强了维护王权的力量，拓跋珪的个人权力得到了巩固。也从此拉开了北魏统一北方战争的序幕。